Obec Vyšný Medzev leží na juhovýchodných svahoch Slovenského rudohoria, 2 km na sever od mesta Medzev. Od okresného a krajského mesta Košice vzdialené približne 36 km. V blízkosti mesta Medzev do rieky Bodvy sa vlievajú potoky z Vyšného Medzeva a to Pustý potok z Lucia Bane, zo Zlatnej doliny potok Zlatná, do ktorej priteká potok Hummel. Z hľadiska pôdorysného je tvaru podlhovastého s kostolom, parkom a námestím v strede.
Vyšný Medzev sa rozkladá v nadmorskej výške 383 m n.m. a Baňa Lucia 360 m n.m. Najnižší bod 280 m n.m je južná hranica komplexu Buchwald. Najvyšší bod je Kloptaň 1155 m n.m., potom Zbojnícka skala (Rauberstein) 1147 m n.m. Ďalším významným bodom je Birkenhubel, ktorý má 1012 m n.m.